Экспозиция истории развития региона начала свое существование в 1895 году под контролем властей Царской России на местах. Для расположения экспонатов был выделен верхний этаж дома губернатора Ферганской области. Изначально коллекция состояла из безвозмездно переданных предметов истории региона и предметов, участвовавших на выставке, посвященной сельскому хозяйству и промышленным достижениям региона, проходившей в Фергане за год до решения создать музей. К 1897 году музей имел в своей экспозиции около 1200 предметов. Торжественно музей был открыт только в 1899 году. Расположился он во флигельной части того же губернского дома, а коллекция насчитывала уже больше двух тысяч предметов.
К 1911 году музей перестал функционировать из-за смены власти и прекращения спонсирования, но после прихода власти советов, в середине 20-х годов XX века музей открывается вновь и в нем организовывают новые отделы. Например, посетители могли ознакомиться со снимками и документацией, описывающей различные победы Красной армии, в частности подвиги героев-ферганцев во Второй Мировой Войне.
Значительное увеличение копилки исторических находок и фактов о регионе принесло проведенное археологическое исследование в 50-е годы XX века.
Сегодня в арсенале музея уже 80 000 предметов истории края, воплощенных в находках с раскопок, изделий ювелирного характера, книг и документов, глиняных и бронзовых изделиях быта. Музей в нынешнее время проводит археологические раскопки в городах Кува и Алтиарик, в Узбекистанском тумане. Имеется 7 филиалов музея в различных городах Ферганской долины. Здесь ведется непрекращающаяся научная работа, стажируются и практикуются студенты исторических факультетов и кафедр.
Ежегодная посещаемость музея составляет 60 000 человек, ведь он является старейшим музеем на территории региона с очень большой коллекцией.
